Dari 1997 sehingga tahun 2002, Boutros-Ghali merupakan Setiausaha Agung La Francophonie iaitu sebuah pertubuhan yang dianggotai negara-negara berbahasa Perancis. Dari tahun 2003 hingga 2006, beliau menjawat sebagai Ketua lembaga Pusat Selatan,[6] sebuah organisasi penyelidikan antara kerajaan negara-negara membangun. Saat ini beliau adalah Presiden Majlis Kuratorium Pentadbiran di Akademi Undang-undang Antarabangsa Den Haag. Pada tahun 2003 Boutros-Ghali dilantik sebagai Pengarah Dewan Nasional HAM Mesir, kedudukan yang masih berlaku.Sejak April 2007, Boutros-Ghali telah menyokong Kempen untuk Pembentukan Majlis Berparlimen PBB dan merupakan salah satu penandatangan awal banding Kempen. Dalam mesej untuk Kempen, dia menekankan perlunya membina penglibatan demokratik warga negara di peringkat global.